Dans Primordial Soup, chaque joueur contrôle une espèce d’organismes primitifs de type amiboïde. Ensemble, ces espèces forment un écosystème dans lequel chacune se nourrit des déchets des autres. Pour gagner, un joueur doit guider l’évolution de son espèce afin d’augmenter sa population et le niveau de sophistication de ses gènes. Chaque manche se déroule en plusieurs phases. Tout d’abord, chaque organisme se déplace, soit en dérivant, soit par ses propres moyens, puis se nourrit. L’environnement subit ensuite un changement aléatoire qui modifie le sens de la dérive et peut contraindre certains organismes à perdre des gènes. Les espèces peuvent alors acheter de nouveaux gènes, puis se reproduire. À ce stade, certains organismes meurent et chaque espèce marque des points. Ce cycle se répète jusqu’à ce qu’une espèce atteigne au moins quarante-deux points ou que les cartes Environnement soient épuisées. Les gènes disponibles permettent notamment d’améliorer le contrôle des déplacements, l’efficacité du métabolisme, la reproduction, ainsi que les capacités d’attaque et de défense. Le jeu a été enrichi par l’extension Freshly Spiced.