Ninja Taisen est un jeu abstrait à information ouverte pour deux joueurs, reposant sur des dés et une mise en place aléatoire. Les deux joueurs disposent de ensembles identiques de dix combattants, avec trois combattants dans chacune des trois couleurs, de valeurs 1 à 3, ainsi qu’un chef tricolore de valeur 4. Ces combattants sont placés en petites piles de tailles variables sur une ligne de onze cases. À son tour, un joueur lance les trois dés de couleur et peut effectuer jusqu’à trois déplacements correspondants, le dé bleu permettant de déplacer un combattant bleu, et ainsi de suite. Lorsqu’un combattant se déplace avec d’autres combattants empilés sur lui, toute la pile se déplace ensemble. Si, à la suite d’un déplacement, un combattant ou une pile rencontre un ennemi, un combat a lieu entre les cartes du dessus de chaque pile. L’issue dépend principalement de la couleur selon un principe de pierre-feuille-ciseaux, puis de la valeur numérique, la plus élevée l’emportant. Si le chef gagne un combat, sa puissance est réduite de celle de l’ennemi pour la durée du combat en cours. En cas d’égalité, les deux combattants reculent chacun d’une case vers leur propre village, ce qui peut provoquer d’autres combats durant le même tour. Le combat se poursuit jusqu’à ce qu’une des deux piles soit entièrement éliminée. Le premier joueur qui parvient soit à vaincre tous les combattants adverses, soit à atteindre l’extrémité de la ligne et éliminer les combattants ennemis présents dans le village adverse, remporte la partie.