Des cendres de la guerre, les nations accèdent au pouvoir à l’ère atomique. Chaque joueur prend le contrôle d’un pays cherchant à s’imposer durant la seconde moitié du XXe siècle. Il développe son industrie, son commerce et son gouvernement en acquérant des ressources, en construisant des infrastructures et en exploitant des sources d’énergie. Le prix du pétrole augmente et l’énergie nucléaire représente l’avenir. The Manhattan Project : Energy Empire se déroule dans le même univers que The Manhattan Project, mais il s’agit d’un jeu autonome et non d’une extension. Dans Energy Empire, la principale menace n’est pas la guerre, mais les conséquences mondiales incertaines provoquées par l’industrialisation et la pollution. De nombreuses actions ont un coût. Ainsi, plus une nation se développe, plus elle pollue l’environnement. Une utilisation réfléchie de la science permet d’atténuer les effets néfastes de l’industrie et d’éviter des crises globales. Energy Empire repose sur des mécanismes de placement d’ouvriers, de construction de tableau et de gestion de ressources. À chaque tour, un joueur choisit entre travailler ou produire. Lors d’un tour de travail, il place un ouvrier sur le plateau principal, puis utilise des ouvriers et de l’énergie pour activer les cartes de son tableau. Il est possible de dépenser de l’énergie pour utiliser un emplacement déjà occupé, ce qui fait qu’aucun espace n’est totalement bloqué. Lors d’un tour de production, les joueurs renouvellent leur réserve d’énergie en lançant des dés représentant l’énergie nucléaire, le charbon, le pétrole, le solaire et d’autres sources.