Small Samurai Empires est un jeu de contrôle de territoire avec programmation d’actions pour deux à quatre joueurs, dans lequel les participants s’affrontent pour le contrôle du Japon à la tête de leurs armées de samouraïs. Une partie se déroule en trois ères, chacune composée de deux manches. À chaque manche, les joueurs placent à tour de rôle des jetons Ordre face cachée sur les emplacements disponibles dans les quatre régions du Japon. Une fois tous les emplacements remplis, les jetons sont révélés et résolus un par un par leur propriétaire. Ces ordres permettent notamment de recruter de puissantes armées de samouraïs, de déplacer ses troupes pour conquérir des provinces, de construire des châteaux afin de défendre et conserver ses territoires, ainsi que d’effectuer d’autres actions importantes. À la fin de chacune des trois ères, les joueurs marquent des points en fonction des régions qu’ils contrôlent et de leur valeur, laquelle peut évoluer au cours de la partie. À l’issue de la troisième ère, le joueur totalisant le plus de points remporte la victoire.